En efecto tu pen drive se infectó con seguridad con el autorun y esto hizo que te cambiara las propiedades de tus carpetas; por lo tanto las ves sólo poniendo en propiedades "ver archivos ocultos" y las visualizas como fantasmas o transparentes aunque tus archivos están completos.

Lo que tienes que hacer es restaurar las propiedades de las carpetas para que puedan volver a ser visualizadas de manera normal. Debes hacer lo siguiente:

1.- Ve al botón de inicio y selecciona "Ejecutar"
2.- Escribe dentro del recuadro: cmd (para que te mande a la consola de DOS)
3.- Te aparecerá C:\Documents and settings\.....>
4.- Elimina todo ello hasta que te deje sólo C:\>
5.- Escribe la letra en donde conectaste tu pen drive (Generalmente es E), entonces escribe E: y le das enter
6.- Aparecerá E:\>
7.- Adelante escribe exactamente lo siguiente: attrib -r -a -s -h /S /D *.*
8.- Tu pen drive comenzará a trabajar y las propiedades se irán cambiando (No olvides dejar los espacios entre lo escrito, es importante para que los atributos se cambien)
9.- Cuando el proceso termine podrás visulaizar nuevamente tus archivos